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이렇게 다양한 유전체로 이루어진 장내 미생물은 인체의 대사, 면역, 발달 등과 관련된 기본적인 생리 활동과 유지에 관련된 매우 중요한 역할을 하고 있는데 인간의 면역력은 인간의 세포들과 미생물의 연합군으로 이루어져 있다고 볼 수 있다. 장은 대부분 면역 세포들이 거주하는 공간으로 인체 최대의 면역 기관이라고 불리는데 특히 자가 면역 질환에 영향을 끼치는 조절 T세포를 포함하여 면역 세포의 대장으로서 모든 면역 세포를 움직이는 헬퍼 T세포는 약 80%가 장내의 점막에 집중되어 있다. 뇌 질환과 마이크로바이옴의 관계는 많은 연구를 통하여 밝혀졌으며, 특히 비만, 당뇨, 고혈압, 우울증, 알츠하이머병, 자폐증 등 대부분의 질병이 장내 마이크로바이옴과 상관이 있다. 『The Second Brain(두 번째 뇌)』의 저자 거숀 박사는 “뇌는 모든 신체의 운동, 감각 등의 행위에 관여하지만, 이 뇌를 조절하는 것은 장(Columbia University, Michael D. Gershon)”이라고 기록하고 있다. 특히 장에 존재하는 세균들은 뇌에 영향을 주고 인간의 행동이나 무드, 에너지 대사까지 조절할 수 있는 것으로 알려져 있다. 미생물들이 만드는 신호와 미생물이 만드는 물질들로 인해서 전체 세로토닌의 약 95%가 실제 위장관에서 만들어지고 있으며 사실상 우리가 걸리는 질병의 약 90%가 장내 미생물과 관련이 있기 때문에 최근에 마이크로바이옴 관리를 위한 생활 양식이 대두되고 있는 것이다. 장내 미생물의 환경은 사람마다 다 다른 것으로 알려져 있는데 같은 밥과 국을 먹어도 미생물의 종류와 생태계가 다른 이유는 식생활, 잠자는 습관, 운동의 습관, 심지어 언제 화장실엘 가는지와 같은 생활 습관이 큰 영향을 미치기 때문이다. 그뿐 아니라 도시가 아닌 시골에서 사는 것도 미생물의 형성과 다양성, 유익균의 활동 등에 중요한 영향을 끼친다. 

채식 또한 장내 미생물 생태계에 유익하다는 매우 많은 연구가 이미 진행되었다. 서울대 천종식 교수에 따르면⁴ 2주 동안 정제된 탄수화물은 피하고 시금치, 상추, 케일 등의 잎채소와 콩류, 곡류 등을 먹은 결과 유익균인 프레보텔라가 22배 더 많아졌으며 다양성 지수도 66에서 75로 올랐고, 미생물 종의 수도 206에서 406으로 증가하였다. 또한 하루 6~8잔의 물을 마실 때 미생물의 먹이와 분비 물질들이 물을 타고 다른 미생물에게 이동되며 미생물이 건강하게 자라고 유익균이 증가된다. 태양은 장 건강과 관련이 있으며(면역력을 키우는 장내 미생물, 234), 그 외 기타 절제와 신선한 공기와 호흡 등도 장내 미생물과 깊은 연관이 있다. 뉴스타트의 생활 양식에 대한 기록은 약 120년 전부터 기록되었지만 알고 보면 2000년대부터 활발하게 연구되고 있는 건강한 마이크로바이옴 생태계를 위한 최고의 생활 양식인 것이다.